Biohacking - Palestra com Andres Ochoa

 

A repórter Letícia Mori escreveu uma extensa matéria sobre a comunidade biohacker brasileira, para o site da BBC Brasil.

Na matéria, entitulada: De teste de DNA caseiro a organismos geneticamente modificados: os projetos dos biohackers brasileiros, a repórter entrevista várias pessoas que compõem a comunidade, trata de alguns projetos em desenvolvimento e traz uma discussão sobre as diferenças do movimento biohacker em solo brasileiro, em relação aos Estados Unidos e a Europa.

Leia a matéria na íntegra.

Imagem do site da Mozilla Science https://science.mozilla.org/blog/2017-fellows-cfp CC-BY

Ni!

A Mozilla Science está recebendo propostas de Fellows – que são financiados por 10 meses para promover abertura nas suas instituições – e de Mini-Grants – para projetos em prototipagem, comunidade e treinamento em Ciência Aberta.

Vejam mais detalhes nos posts a seguir:

2017 Fellows for Science Call for Applications (até 14 de maio)

Call for Proposals: Announcing Mozilla Science Mini-Grants! (até 2 de junho)

Quem tiver interesse, uma ideia, mas quiser discutir ou ajuda para se propôr, pode escrever para a lista do grupo!

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Awesome Foundation Logo

Ni!

A partir deste mês, e a cada mês ao menos até agosto, a Awesome Foundation irá apoiar com financiamentos de U$1000,00 projetos inovadores em bibliotecas, com um viés por projetos de ciência aberta.

A iniciativa é organizada pela Library Pipeline.

Para propor um projeto, basta preencher o formulário no site!

Dúvidas podem ser enviadas – em inglês – para o Josh no e-mail libraries@awesomefoundation.org

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A declaração da Iniciativa de Budapeste pelo Acesso Aberto (Budapest Open Access Initiative, ou BOAI) foi publicada em 14 de fevereiro de 2002. Prestes a completar 15 anos, a Iniciativa de Budapeste é um dos marcos iniciais do movimento pelo acesso aberto à informação científica. Seu conceito de “open access” acabou se tornando padrão mundial:

“Por ‘acesso aberto’ a esta literatura, nos referimos à sua disponibilidade gratuita na internet, permitindo a qualquer usuário a ler, baixar, copiar, distribuir, imprimir, buscar ou usar desta literatura com qualquer propósito legal, sem nenhuma barreira financeira, legal ou técnica que não o simples acesso à internet. A única limitação quanto à reprodução e distribuição, e o único papel do copyright neste domínio sendo o controle por parte dos autores sobre a integridade de seu trabalho e o direito de ser propriamente reconhecido e citado.”

Para avaliar o impacto da BOAI e repensar sua relevância para o futuro, a Iniciativa está promovendo uma consulta pública, disponível em http://budapestopenaccessinitiative.org/boai15-1 até 20/01/2017.

Ao longo do tempo, o movimento pelo acesso aberto ganhou força, mas os desafios persistem. Exemplo disso são os recentes problemas nas negociações entre a Elsevier e governos, universidades e consórcios de bibliotecas em países como Taiwan, Alemanha, e Peru. Pesquisadores e instituições continuam tendo de escolher entre gastar cada vez mais com assinaturas ou perder acesso a periódicos relevantes. O Brasil, segundo o jornalista Maurício Tuffani, deve gastar em 2017 R$ 402,9 milhões com o Portal de Periódicos da CAPES, um aumento de 16,9% em relação a 2016. Com a perspectiva de cortes de gastos e congelamento de despesas nas próximas décadas, fica no ar a questão de até quando poderemos manter esse ritmo.

A partir das respostas ao questionário BOAI15, a Iniciativa de Budapeste pretende elaborar e atualizar recomendações que promovam o acesso aberto. Seria especialmente interessante levar a perspectiva brasileira/latinoamericana para essa discussão, já que nossos problemas nessa área são diferentes daqueles vividos na Europa e nos EUA. Participe você também respondendo à pesquisa e divulgando-a entre seus contatos até o dia 20 de janeiro de 2017.

Em teoria a vida como pesquisador é ótima. Eles tem a possibilidade de aprender sobre um assunto que amam e fazer experimentos que irão gerar dados inéditos, que por sua vez permitirão responder perguntas até então sem resposta e extender as fronteiras do conhecimento humano. Se eles fizerem seu trabalho de maneira correta, a pesquisa também pode levar a uma melhoria da qualidade de vida. Porém quando a realidade se impõe, percebemos que os frutos dessa carreira vem a passos lentos, e muitas vezes de pouco alcance. O progresso da ciência é constante, mas vagaroso, com um intervalo de anos, se não décadas, entre a sugestão de novas teorias e sua consolidação, ou ainda, da dispersão de conhecimento na sociedade em forma de novos produtos/terapias e modos de pensar.


Figura 01: O tamanho dos territórios representa a proporção de todos os artigos científicos publicados em 2001. Modified from Worldmapper.org

 

Uma das razões para essa demora é que a pesquisa é feita por um número pequeno de pessoas, em um número limitado de lugares (Figura 1). Como pode ser visto no mapa, a distribuição da produção científica (nesse exemplo, medida em número de artigos publicados), é altamente desigual, e não correlacionada com o número de habitantes de um país. Japão e Nigéria por exemplo, tem populações de tamanho similar (~127 e 148 milhões de habitantes respectivamente), mas uma disparidade incrível na quantidade de artigos publicados. Infelizmente os resultados do país africano são similares a uma grande parte de outros na África Subsaariana. Essa distribuição desigual leva, entre outras coisas, ao fenômeno de “fuga de cérebros”, onde pesquisadores deixam seus países de origem em busca de melhores condições de trabalho. Esse fenômeno leva por sua vez a uma piora nas condições de desenvolvimento e de desiqualdade global (1). É necessário lembrar que em um mundo interconectado a pobreza e condições de vida ruins geradas por destribuição desiqual da riqueza, afetam não apenas pessoas vivendo em países distantes, mas a todos nós, e a menos que façamos algo a respeito, problemas atuais, como a crise de refugiados e o aumento de movimentos com inclinações terroristas irão apenas piorar (2).

Uma possível solução para tornar as condições de trabalho mais interessantes em nações em desenvolvimento, é investir na melhoria tanto da capacidade técnica como da infraestrutura local a ponto de torná-los competitivos e atrativos para pesquisadores do mundo todo. Esses são os objetivos do TReND in Africa (3), uma ONG fundada por três pesquisadores: Lucia Prieto, Sadiq Yussuf, e Tom Baden (das universidades de Lausanne, Kempala e Brighton, respectivamente). A organização atua no nível universitário, e é mantida por um time de aproximadamente 50 voluntários, que vão desde alunos de mestrado até professores eméritos, vindos de diferentes países e de diferentes áreas do conhecimento (Figura 2).

Figura 02: A rede de voluntários, ex-alunos e instituições parceiras do TReND. Modificado de www.trendinafrica.org

 

Workshops/cursos de verão – Vários Workshops e cursos de verão foram realizados até hoje, em diferentes áreas do conhecimento (alguns exemplos são neurociência e genética, bioinformática, redação científica, neurociência computacional, construção de equipamento de laboratório sob licensas de código aberto). Os cursos ocorrem em instituições africanas e recebem alunos de diversas universidades do continente que passam por treinamento intensivo (de duas a três semanas) com conteúdo ministrado por especialistas do mundo todo.

Construção de infraestruturaEquipamentos doados ao TReND são colocados a disposição de pesquisadores de instituições africanas através de um catálogo. O pesquisador requisitante recebe o equipamento necessário após se comprometer a compartilhar o equipamento com terceiros que tenham interesse em realizar experimentos similares.

Ensinar na África – Esse programa faz o intermédio de pesquisadores doutores, em qualquer estágio de suas carreiras, que queiram passar períodos prolongados (geralmente um ou dois semestres) como pesquisadores visitantes em instituições africanas para exercer pesquisa e lecionar alunos nos programas de gradução e pós das instituições participantes.

Extensão – Ex-alunos dos cursos visitam escolas de ensino médio e fundamental para dividir experiências sobre a vida como pesquisador, e realizar experimentos nas salas de aula para demonstrar as maravilhas da ciência. O intuito deste programa é mudar a percepção das crianças sobre a carreira ciêntifica, quebrando conceitos falhos e demonstrando que existem caminhos “alternativos” para além de medicina, direito e engenharia.

Apesar da ONG ser relativamente nova, fundada em 2011, algumas notícias e resultados interessantes estão começando a aparecer, entre eles:

– A instalação de um microscópio confocal em in Nairóbi.

Um artigo escrito por ex-alunos publicado como capa da PLoS computational biology.

Criação e manutenção de uma coleção online de Hardware open source hardware para ciência juntamente com a organização PloS.

Um prêmio de inovação da Universidade de Cambridge para um microscópio “faça você mesmo” distribuído sob licença de código aberto, conhecido como Flypi.

Vários relatos de ex-alunos sobre a aplicabilidade do conhecimento adiquirido nos cursos e workshops.

– O engajamento e iniciativa própria de ex-alunos ao criar e executar projetos de extensão.

Esses exemplos indicam que os esforços do TReND estão tendo um efeito multiplicador, já que o conhecimento e equipamentos compartilhados estão sendo usados e novamente compartilhados com terceiros. Eles também indicam que a organização está indo na direção correta, já que os ex-alunos são capazes de utilizar os novos conhecimentos para se tornarem mais independentes e aumentarem sua capacidade científica. Caso o efeito multiplicador se mantenha, pesquisadores do continente Africano terão condições de influenciar de maneira significantiva o futuro de suas nações, já que eles serão capazes de produzir ciência mais transparente, confiável e de custo acessível, focando nos interesses e problemas locais. Além disso, o problema de “fuga de cérebros” poderia ser minimizado, já que grandes movimentos migratórios valeriam menos a pena.

Referências:

1) Kasper, J; Bajunirwe, F; 2012 – Brain drain in sub-Saharan Africa: Contributing factors, potential remedies and the role of academic medical centres. Archives of disease in childhood 97:11 973-979

2) http://www.worldbank.org/en/news/press-release/2016/04/05/increasing-economic-growth-fragile-states-prevent-future-refugee-crisis-world-bank-president

3) http://trendinafrica.org/

CC-BY-SA from https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Wikipedia_editing_workshop_-_Faculdade_C%C3%A1sper_L%C3%ADbero_01.jpg

Traduzido do texto original de Eryk Salvaggio, licenciado em CC-BY-SA

A Wikipédia é fonte de conhecimento para os seres humanos em todo o mundo. É por isso que a campanha Ano da Ciência da Wiki Education Foundation trabalha com aulas de ciências em universidades americanas e canadenses. Juntos, estamos tornando mais claro e abrangente o conhecimento sobre a ciência ao público.

Mas, assim como o conhecimento transcende as fronteiras, o mesmo acontece com a Wikipédia. Por isso, estamos animados para assistir o Ano da Ciência assumir uma vida própria no Brasil.

João Alexandre Peschanski é o Professor da Cásper Líbero de Ciência Política e supervisor de comunicações para uma fundação de pesquisa de São Paulo, FAPESP, trabalhando na Pesquisa, Inovação e Difusão no Centro para Neuromatemática (RIDC NeuroMat) da Universidade de São Paulo. Ele tem guiado uma campanha inspirada pelo Ano da Ciência da Wiki Ed, através do Centro da USP de Pesquisa, Inovação e Difusão (Cepid). A mídia tem apelidado sua iniciativa de “Ano brasileiro da Ciência”.

“Nosso foco tem sido a teoria matemática do cérebro … Nós escolhemos conceitos interessantes em papers que nossa equipe de pesquisa tem produzido, e num esforço colectivo com cientistas, jornalistas e estudantes, criar ou melhorar o conteúdo pertencente à Wikipédia.”

João diz que havia cerca de uma lacuna de 30 anos entre a ciência refletida nas fontes Wikipédia Português, e os desenvolvimentos de ponta sendo feito nesse campo.

A iniciativa brasileira adicionou milhares de palavras sobre temas relacionados com propriedades matemáticas da dinâmica neurais à Wikipédia Português. Por exemplo, eles expandiram o artigo em português sobre a doença de Alzheimer, e temas mais complexos como a lesão do plexo braquial. Eles também criaram a introdução a modelos biológicos de neurônios, e criou um vídeo que explica “Spike sorting” – uma maneira de rastrear e medir as propriedades elétricas das células – que aparece em ambas as edições em português e inglês da Wikipédia.

Em seu modelo, especialistas e pesquisadores trabalham para explicar conceitos para voluntários do Grupo de Usuários Wikimedia no Brasil. Eles vão escrever artigos com base no envolvimento de especialistas. Muitos dos autores são pesquisadores de pós-doutorado.

“Neste momento, somos a maior organização de pesquisa a ter um claro compromisso de divulgar a ciência através da Wikipédia no Brasil. E estamos crescendo: a Universidade de São Paulo acaba de conceder-nos quatro posições de graduação para trabalhar na promoção de um maior envolvimento com a Wikipédia em nosso campus “.

João, ao lado do Wikipedista Residente (Wikipedian-in-Residence) David Alves e do voluntário de longa data Célio Costa Filho, foram aproveitando o Wiki Ed EUA-Canadá Ano da Ciência para expandir o programa em seu próprio país. David é o graduado em jornalismo que começou a editar Wikipédia para um projeto de classe ensinada por João. Ele é agora a primeira pessoa a receber uma subvenção estatal para promover a Wikipédia no Brasil, graças à Fundação de Pesquisa de São Paulo.

“Os pesquisadores fornecem conhecimentos qualificados e técnicos, e nós transformamos o conteúdo para uma forma mais compreensível e clara”, disse Alves.

Estamos animados ao ver que a ideia e as ferramentas que estamos criando para ajudar a levar o conhecimento para além das paredes da sala de aula estão, elas próprias, ultrapassando as fronteiras. O Ano da Ciência na Wikipédia é realmente um fenômeno global, e estamos animados ao ver o trabalho que voluntários Wikipedistas e grupos estão assumindo ao redor do mundo!

Logo obtido em http://science.mozilla.org/

Esta é uma adaptação da newsletter do Mozilla Science, edição de Junho.

Chamada à comunidade Mozilla Science

Na chamada à comunidade deste mês, palestrantes falaram sobre co-working e colaboração. Sydette Harry falou sobre o The Coral Project, Alexander Naydenov sobre o Paper Hive, Mark Merrill sobre o Aquarium, e Gerald Rich sobre o Data Proofer.

Seja um embaixador PaperHive

PaperHive é uma plataforma de co-working para pesquisadores que desejam fazer leitura colaborativa. Para ser um embaixador da plataforma, entre em contato: @paperhive ou info@paperhive.org

Grupo de estudos Mozilla Science

No último grupo de estudos, falamos sobre Biojulia, um aplicativo de linguagem Julia para informática. Podem ser acessados o Etherpad e o vídeo da reunião.

Nesse mês falamos com Amel Ghouila, que gerencia o grupo na Tunísia. Conheça melhor o grupo.

Projetos

A reunião de Projetos do mês contou com a participação de Anna Krystalli, membro da Universidade de Sheffield, e Karthik Ram, co-fundador do rOpenSci. Karthik  é um cientista de dados e defensor da ciência aberta na UC Berkeley.

O etherpad pode acessado aqui.

Mozilla Global Sprint

A Global Sprint da Mozilla foi um sucesso, com aproximadamente 35 locais hospendando mais de 50 horas de hacking. Veja as estatísticas, gráficos, dados e siga os projetos do evento.

Mozilla festival

Acontece em Agosto o Mozilla Festival, evento anual de três dias com palestras, ferramentas, workshops, e projetos artísticos sobre ciência aberta. Faça propostas para o evento e se inscreva.

Tópicos quentes

Imagem em: http://f1000research.com/articles/5-632/v2

Ni!

Foi publicado no periódico F1000 Research um artigo importante que agrega evidências atuais sobre o acesso aberto:

The academic, economic and societal impacts of Open Access: an evidence-based review.

Nele estão discutidos o impacto em citações, por métricas alternativas, na mineiração de dados, nas editoras, nos custos, em inovação tecnológica, em países em desenvolvimento, e a relação mais geral com dados científicos abertos e ciência aberta.

O artigo, que também inclui uma breve história do assunto, é resultante de discussões iniciadas na OpenCon 2015. A F1000 Research é uma revista inovadora com revisão por pares abertas e contínua. O artigo encontra-se na sua segunda revisão após comentários dos pareceristas e de leitores, também acessíveis na página.

Um texto importante para se atualizar ou se introduzir no assunto.

Abraços e boa leitura!

De <http://www.sibi.usp.br/>

A Dra. Elisabeth Dudziak, professora titular na UNIP e chefe técnica no Sistema Integrado de Bibliotecas da USP (SIBi-USP), publicou um excelente artigo no site do SIBi reclamando o fato: dados de Pesquisa agora devem ser armazenados e citados.

No artigo ela explica parte do histórico dessa mudança – é sempre difícil cobrir tudo, achei que ficou só faltando contar da importância do pioneirismo da PLoS nesse âmbito, – comenta sobre a licença CC0, – e os procedimentos e repositórios disponíveis para se publicar dados de pesquisa.

Uma notícia muito bem vinda, considerando que no encontro do grupo Ciência Aberta em 2013, com participação do SIBi-USP apresentando os repositórios institucionais de artigos, discutimos justamente a importância das bibliotecas na publicação de dados de pesquisa!

Logo obtido em http://science.mozilla.org/

A partir de agora o Blog contará com uma newsletter mensal, adaptada da produzida pelo Mozilla Science, com as principais novidades sobre a Ciência Aberta!

Reuso de dados

A Mozilla Science divulgou os resultados de uma pesquisa sobre o reuso de dados de pesquisa.

Grupos de estudo da Mozilla Science

O último encontro dos Grupo de Estudos, que aconteceu dia 20 de Maio, reuniu palestrantes sobre Biojulia, um aplicativo de linguagem Julia para bioinformática. Você pode acessar o Etherpad ou o video do encontro para ficar por dentro do que rolou.

Projetos

No encontro de projetos, foram ouvidos diversos participantes do #mozsprint, uma jornada de dois dias por ferramentas, materiais e recursos pela ciência aberta. Novos projetos ainda estão sendo aceitos. Sobre a jornada.

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