Nota: Essa é uma versão resumida de http://blog.rgaiacs.com/2014/12/13/swc_at_ufsc.html (em inglês).

Agradecimento: Queria agradecer ao Renato Morais Araujo e Juliano A. Bogoni por terem organizado o workshop.

Na última quinta-feira e sexta-feira, Diego Barneche e eu estivemos na Universidade Federal de Santa Catarina para ensinar R e como utilizá-lo para fazer ciência aberta.

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No nosso público, aproximadamente 20 alunos, tivemos alunos de graduação, mestrado e doutorado de Biologia que aumentaram seus conhecimentos sobre R e também aprenderam o terminal Linux e Git (para controle de versão).

Depois que apresentamos as ferramentas que os alunos precisavam, o Diego apresentou uma sessão relacionada com ciência aberta que mostrou como utilizar tudo que tinhamos ensinado anteriormente para que eles pudessem trabalhar de uma forma melhor.

Pelo retorno que tivemos dos alunos eles aproveitaram bastante o workshop.

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O Alexandre e eu estamos conversando para realizar um evento parecido em Fortaleza no início de Fevereiro (assim que tivermos confirmado o evento iremos disponibilizar maiores informações nesse portal). Caso você tenha interesse de ter um evento semelhante na sua instituição, entre em contato.

No último sábado ocorreu nosso sprint relacionado com o Lattes e aqui você encontram algumas reflexões.

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Pouca Participação

Apenas eu e o Tel participamos. Esperávamos que mais pessoas participassem, pelo menos remotamente, pois problemas com o Lattes é algo que sempre ouvimos em um encontro de ciência aberta além de várias pessoas terem mostrado interesse em utilizar a informação do Lattes. Como aumentamos a participação ainda é uma questão em aberto.

Error Log

Logo no início das atividades descobrimos que o log de erro do Lattes é disponibilizado ao usuário quando tenta-se acessar um perfil que não existe como esse aqui.

Base de Dados para Análise

Uma dos objetivos do sprint era verificar a viabilidade de utilizar o scriptLattes para criar uma base de dados com parte significativa de currículos Lattes que pudesse ser compartilhada entre os interessados em meta-"ciência aberta". Infelizmente não conseguimos verificar um dos arquivos que queríamos (ver mais informações aqui).

Também verificamos que o scriptLattes precisa de uma correção para lidar com requisições de perfis inexistentes pois aparentemente ele não desiste de tentar baixar o perfil inexistente.

Outras conversas

Também tivemos algumas discussões sobre coisas que não gostamos no Lattes, como que elas "deveriam" ser e o que poderíamos fazer. Você pode ler algumas sobre isso na Wikiversidade.

Esse sábado, 08 de novembro, será realizado na UNICAMP um sprint voltado ao OpenLattes/ScriptLattes como previamente anunciado.

Como Participar

Estaremos utilizando o espaço do NIED na UNICAMP e os interessados apenas precisam comparecer no NIED a partir das 9:00. Para quem não conhece o NIED, ele fica de frente para a Praça da Paz e do Restaurante Del Sol (ver OpenStreeMap).

Esperamos ter suporte a vídeo conferência para possibilitar a participação remota de quem desejar mas já podermos confirmar no início das atividades. Fique atento aos comentários deste post.

Para quem não mora em Campinas e quiser participar, você pode tentar combinar uma carona na nossa lista.

Projetos Propostos

Temos vários projetos propostos tanto para o OpenLattes como para ScriptLattes. Fique a vontade para adicionar novas propostas.

Maiores informações

Se precisar de maiores informações você pode utilizar os comentários desse post.

“Acesso aberto” à literatura científica revisada por pares significa a disponibilidade livre na Internet, permitindo a qualquer usuário ler, fazer download, copiar, distribuir, imprimir, pesquisar ou referenciar o texto integral desses artigos, recolhe-los para indexação, introduzi-los como dados em software, ou usá-los para outro qualquer fim legal, sem barreiras financeiras, legais ou técnicas que não sejam inseparáveis ao próprio acesso a uma conexão à Internet. As únicas restrições de reprodução ou distribuição e o único papel para o direito autoral neste domínio é dar aos autores o controle sobre a integridade do seu trabalho e o direito de ser devidamente reconhecido e citado

O Projeto “ma plataforma de informação sobre as políticas e práticas editoriais mais recomendadas para publicações acadêmicas que atendam aos padrões de Acesso Aberto (Open Access em inglês) na América Latina. É um projeto da ONG d(Colômbia).

Equipo de trabajo

O Projeto desenvolve algumas ferramentas, entre elas, o

Regardons la finesse de mousseline choisie et les détails d’ornement exquis, il n’y a aucun doute que vous tombez amoureuse avec notre robe de cocktail en mousseline de soie.

 

 

 

 

collab

Nota: Essa é a tradução para o português do post “Collaborative Lesson Development – Why Not?” de Justin Kitzes. A figura anterior não faz parte do post original em inglês.

Algumas semanas atrás, Greg Wilson perguntou-me:

Por que existe tão poucos currículos e planos de aula desenvolvidos de forma aberta e colaborativa? Existe alguma coisa que torna o ensino diferente de programar (e.g., open source software) e escrever (e.g, Wikipedia)?

Depois de uma dúzia de emails, não posso dizer que ficamos próximo de uma resposta definitiva, mas chegamos a uma hipótese e estamos interessados em comentários.

Os três principais ingredientes necessários para o desenvolvimento colaborativa de qualquer tipo de material são:

  1. alguém que fornece a infraestrutura necessária para o projeto,
  2. grupo de pessoas que integrem e gerenciem contribuições, e
  3. contribuidores que produzem o material.

Por exemplo, o desenvolvimento contínuo do IPython requer GitHub, o time principal de desenvolvedores (especialmente Fernando Pérez e Brian Granger), e pesquisadores/programadores capacitados para enviar contribuições. O crecimento da Wikipedia requer a Fundação Wikimedia, o time de administradores, e leitores interessados que saibam como utilizar o editor online.

A falta de planos de aula abertos e colaborativos pode decorrer da ausência de qualquer um desses três fatores. Greg acredita que a grande limitação seja #2: enquanto vários educadores/professores podem escrever e editar planos de aula parece que eles não estão capacitados a gerenciar o desenvolvimento de um material colaborativo. Entretanto, a existência de livros colaborativos sugere que essa não seja uma atividade absurda.

Me voto é que a grande limitação seja #3: potenciais contribuidores necessitam de um certo nível de familiaridade e conforto com as ferramentas que possibilitam trabalhar de forma colaborativa (tais como controle de versão ou editor online). Suspeito que essas habilidades são mais raras em educadores quando comparado a programadores ou leitores da Wikipedia.

Uma interessante excessão é o material desenvolvido pela Software Carpentry. Software Carpentry funciona graças ao GitHub, Greg e um time de colaboradores, e vários instrutores familiarizados com o modelo de pull request presente no GitHub. O uso do GitHub e a familizarização com o mesmo deve-se ao fato de que os contribuidores do material da Software Carpentry são, by design, também pesquisadores e programadores.

Importante, a intervenção necessária para promover o desenvolvimento de materiais colaborativos dependerá de onde o gargalo encontra-se:

  1. Se o problema inicial é a infraestrutura, alguém precisa financiá-la, mantê-la, e (mais importante) divulgá-la em algum website com grande visibilidade. Curriki parece ser uma possibilidade (embora Greg tenha notado que várias iniciativas similares tenham falhado no passado). Uma importante consideração deve ser diminuir as habilidades necessárias para contribuidores à menor quantidade possível (pense em um editor online ao invés do modelo fork/pull utilizado pelo GitHub).
  2. Se o problema inicial é o grupo de pessoas que gerenciem o projeto, um grupo dos atuais líderes na educação precisam ser voluntários ou oferecerem incentivos para aqueles que forem voluntários na tarefa de iniciar o desenvolvimento e gerenciamento de tal material na sua respectiva área. Esse papel pode e deve ser reconhecido como equivalente a ser o editor de um livro publicado.
  3. Se o problema inicial é a falta de contribuidores, treinamentos nas ferramentas colaborativas a serem utilizadas deve ser oferecido para educadores que manifestarem interesse na ideia de desenvolver planos de aula abertos. Embora incentivos podem ser úteis, contribuidores de software de código aberto e da Wikipedia normalmente não recebem compensações diretas pelo seu trabalho.

Ou talvez isso seja um trabalho em andamento e precisemos esperar a próxima geração de educadores (e estudantes).

E isso foi até onde conseguimos chegar. O que você pensa?

Na semana passada tomei conhecimento da Open Science Training Initiative:

O movimento de Ciência Aberta é um importante instrumento para o trabalho colaborativo e o compartilhamento de nossa pesquisa em escala global na era digital por meio do desenvolvimento de infraestrutura para compartilhamento de dados, práticas de licenciamento e metodologias. Mudanças nas políticas das entidades de fomento à pesquisa e editoras já estão ocorrendo mas precisamos garantir que os ideais de abertura sejam absorvidos por todos os níveis na academia. Abertura na academia precisa ter o suporte de mudanças políticas partindo dos níveis superiores e de treinamento para os mais jovens. A Open Science Training Initiative espera contribuir na segunda parte ao lhe ajudar a integrar treinamentos sobre ciência aberta nas suas lições já existentes. (Traduzido e adaptado da página inicial da Open Science Training Initiative (sob CC-BY))

Eles realizaram um treinamento piloto no qual simulam a reprodução de um trabalho pelos pares (ver descrição aqui) que foi acompanhado com algumas lições (disponíveis e comentadas aqui).

No ano passado a Fundação Mozilla lançou o projeto Web Science (veja o anúncio aqui) com o objetivo de ter maior participação no movimento de ciência aberta cujo maior pilar é a web livre pela qual a Fundação Mozilla tem lutado desde seus primeiros momentos.

Nos poucos meses de existência do projeto, já ocorreram duas chamadas comunitárias, uma em novembro e a outra em dezembro, e a terceira é nessa quinta-feira (se tiver interesse em participar veja as instruções na wiki do projeto).

Atualmente, os esforços da comunidade envolvida no projeto estão direcionadas nos seguintes tópicos:

Estes tópicos estão começando a aparecer nos debates relacionados a ciência aberta, agora que a questão do acesso aberto encontra-se mais solidificada, e são bastante importante pois é com base neles que a próxima geração de pesquisadores irá (ou não) se comunicar.

Ni!

Ei-los abaixo, finalmente, os vídeos do encontro do grupo de trabalho realizado em junho de 2013!

Um agradecimento coletivo ao Raniere, que cortou, editou e fez os letreiros, à equipe de audiovisual do IFUSP, pela transmissão ao vivo e captura, e ao Thiandré, que nos mostrou como limpar o som ruidoso.

Para uma descrição resumida do que foi o encontro, quem eram os palestrantes e o que cada um apresentou, vejam o post Relato do encontro nacional do grupo de trabalho – dia 7.

Abertura do encontro

Educação aberta

Debora Sebriam (REA-BR)

Tel Amiel (Unicamp)

Debate

Ferramentas científicas abertas

Rafael Pezzi (UFRGS)

Fabio Kon (CCSL/IME-USP)

Daniel Tavares (LNLS)

Acesso aberto

Cameron Neylon (PLOS)

Sueli Ferreira (USP)

Marcos C. Visoli (Embrapa)
A partir dos 33:50 do vídeo anterior (Sueli Ferreira)

Ciência cidadã

Atila Iamarino (Science Blogs Brasil)

Artur Rozestraten (USP)

Eduardo Oda (GHC)

Dados científicos abertos

Henrique Andrade (Wikimedia Foundation)

Jorge Machado (USP)

Ewout ter Haar (USP)

Robson Souza (USP)

Wikipesquisas

Alexandre Hannud Abdo (USP)

Nota: Este post é baseado no post “Publishing scientific software matters”, de Gaël Varoquaux, e no artigo “Publishing scientific software matters”, de Christophe Pradal, Gaël Varoquaux e Has Peter Langtangen.

Cada vez mais softwares estão desempenhando papel fundamental na produção científica, seja transformando um modelo teórico em simulações, controlando experimentos ou filtrando dados para serem analisados. Infelizmente algumas coisas precisam ser melhoradas.

O primeiro problema é que várias pesquisas e softwares são construídos em cima de ferramentas proprietárias como Matlab e Mathematica, de forma que só é possível revisar a pesquisa e o software após adquirir tais ferramentas.

Uma das vantagens de modelar um problema matematicamente é que assim fica mais fácil procurar por uma forma de resolvê-lo que já tenha sido bastante estudada. De forma semelhante, seria interessante poder utilizar um software já existente ou adaptá-lo para resolver o problema desejado devido a sua estrutura matemática. Infelizmente grande maioria dos softwares são escritos direcionados para problemas específicos de forma que reusá-lo não é uma tarefa fácil, o que é o segundo problema.

O terceiro problema é que muitos dos softwares não encontram-se disponíveis publicamente sendo necessário contactar os autores para adquirir uma cópia quando eles podem fornecê-la. Quando falamos de ciência estamos indiretamente falando de resultados reprodutíveis, então “se não é aberto e verificável por outros, então não é ciência, ou engenharia, ou qualquer que seja o nome pelo qual você chama o que fazemos” (tradução literal de citação anônima presente em “The scientific method in practice: reproducibility in the computational sciences ” de V. Stodden.)

Espero que em breve consigamos resolver estes problemas.

Ni!Screenshot from 2013-08-06 04:57:38

Foi publicado na última edição da revista Computação Brasil (CB), editada pela Sociedade Brasileira de Computação, o artigo Ciência aberta, dados abertos e código aberto de autoria do Prof. Fabio Kon.

Nele se descreve os desvios e fragilidades de algumas formas ainda atuais de lidarmos com o conhecimento científico, destacando a importância de as atualizarmos utilizando as tecnologias disponíveis, para abrir o conhecimento a todos e produzir, assim, uma ciência mais colaborativa e competitiva, mais verificável, reprodutível e responsável.

Acesse o artigo ou baixe a revista na íntegra.

Screenshot from 2013-08-06 04:55:30

E, aproveitando o assunto, hoje ocorre a inauguração do prédio do Centro de Competência em Software Livre no IME-USP!

Abraço!

(Imagens acima extraídas da revista.)