A ideia de que o conhecimento científico, de todos os tipos, deve ser compartilhado abertamente tão cedo quanto praticável no processo de descoberta. —Michael Nielsen
Categoria: Ferramentas abertas

Imagem: Cristiano Sant'Anna/Divulgação - Fonte: http://www.ebc.com.br/tecnologia/2015/07/ciencia-aberta-movimento-defende-o-conhecimento-cientifico-horizontal-e-cidadao

A Empresa Brasil de Comunicação (EBC) publicou recentemente uma matéria entrevistando participantes do grupo de Ciência Aberta que organizaram atividades no 16º Fórum Mundial Software Livre (Fisl).

Ela inclui depoimentos do Prof. Rafael Pezzi (UFRGS) e entrevista com o Prof. Paulo Meirelles (UnB) sobre a importância da Ciência Aberta na pesquisa e sociedade atuais.

Leia na íntegra e assista aos vídeos em Ciência aberta: movimento defende o conhecimento científico horizontal e cidadão.

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Algo que todas as ciências compartilha é a necessidade de analisar dados que podem ser de um experimento químico com mercúrio como também de experimento envolvendo um circuito elétrico, dados socioeconômicos da população ribeirinha ou respostas de um questionário sobre nossos políticos. Infelizmente, os cursos de graduação e pós-graduação não costumam dar muita importância em ensinar boas práticas para análise de dados aos seus alunos e muito menos em como fazer a análise de dados sob os paradigmas da ciência aberta.

Software Carpentry é um grupo de voluntários interessados em mudar essa realidade e para isso eles ministram workshops onde apresentam ferramentas livres para analise de dados, como por exemplo R e Python, assim como boas práticas.

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Nesse primeiro semestre, a Software Carpentry realizou um workshop na Universidade Federal do Paraná, outro na Universidade Estadual de Campinas e um terceiro na Universidade Federal do Ceará. Os participantes dos três workshop gostaram bastante do conteúdo apresentado.

Se você tiver interesse em um workshop da Software Carpentry, entre em contato.

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A primeira foto foi tirada por Renato Augusto Corrêa dos Santos e as demais por Eric Lopes.

Em Janeiro de 2014, um colega me disse que não comprava a proposta de micro-certificação que também é conhecido por badges. Tive que atualizar meu currículo Lattes e me aborreci bastante por não ter aprendido (se é que alguém sabe) como realizar essa tarefa. Para diminuir meu aborrecimento resolvi escrever este post sobre como o modelo de micro-certificação pode tornar o currículo Lattes muito mais amigável.

A Plataforma Lattes é um (des)serviço mantido pelo CNPq (vinculado ao Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação) que hospeda o currículo dos pesquisadores brasileiros. Pesquisadores brasileiros só podem receber financiamento do CNPq se (1) possuírem o currículo na Plataforma Lattes e (2) se o currículo estiver atualizado. Infelizmente, para atualizar o currículo o usuário da plataforma precisam inserir manualmente todas as informações por meio de uma interface bastante confusa.

O Open Badges é um padrão aberto desenvolvido principalmente pela Fundação Mozilla para representar as habilidades/conquistas/premiações de um indivíduo. Uma badge consiste em um arquivo PNG (sim um arquivo de imagem) com vários metadados de maneira que ela pode ser facilmente armazenada, transferida e visualizada.

A maior quantidade de informações que adicionamos no Lattes está relacionado com artigos, posters, softwares, patentes, participações/apresentações em eventos, organização de eventos, … Boa parte dessas informações poderiam ser transferidas através de Open Badges de forma a facilitar a vida do usuário que ao invés de navegar em um interface confusa precisaria apenas enviar um arquivo PNG para a Plataforma Lattes, algo que espera-se ele estar habituado a fazer pois vários serviços na internet permitem ao usuário subir uma foto.

Os receios do meu colega eram (1) qualquer pessoa poder emitir suas próprias certificações e (2) averiguar veracidade da certificação.

A Plataforma Lattes não resolve o problema (1). É permitido você organizar uma sessão de poster, apresentar seu poster na sessão que organizou e adicionar esse trabalho no seu currículo Lattes.

Atualmente a Plataforma Lattes também não resolve o problema (2). Se eu adiciono no meu currículo Lattes que eu escrevi um software não existe ninguém que vá certificar que eu realmente escrevi o software. Felizmente, a adoção de Open Badges oferece uma solução para esse problema. Embora qualquer um possa emitir uma badge, fazê-lo demanda muito mais trabalho do que simplesmente preencher um formulário pois você precisa assinar digitalmente a badge ou disponibilizar publicamente uma cópia da badge em um servidor web. Por esse motivo, apenas algumas pessoas iriam emitir badges e isso "resolveria" o problema (2).

Vamos para um exemplo para deixar as coisas simples. Atualmente, adicionar participação em um evento no Lattes requer o preenchimento de um formulário que é algo simples, depois que você entende a interface confusa, e por isso é fácil adicionar um dado errado. Se você tiver apenas que enviar um PNG que a organização do congresso lhe enviou por email você irá economizar tempo e ter certeza que a informação está correta. Para a organização do congresso, enviar uma Open Badge não é trabalho adicional porque ela já iria emitir um certificado (em papel ou em PDF) para você.

Será que o Lattes consegue entrar na Web 3.0?

Raniere ministrando oficina na UFC.

No início da semana passada ocorreu uma oficina, de dois dias, focada em cadernos de pesquisas abertos na Universidade Federal do Ceará.

A começou com uma palestra do Luiz Carlos Irber Júnior sobre o tema e como ele aplica esse conceito no seu dia a dia como doutorando na Michigan State University sob a supervisão do Dr. C. Titus Brown. A palestra foi muito interessante e encontra-se disponível para quem desejar assistir.

Depois da palestra inicial teve uma pausa para o almoço e durante a parte da tarde foi apresentado a linguagem de marcação Markdown e a ferramenta para controle de versão Git em conjunto com o GitLab.

Pelo feedback que tivemos dos alunos, eles gostaram das atividades realizadas na parte da tarde.

No dia seguinte, focamos na reprodutibilidade. Para isso utilizamos a linguagem Python como meio de mostrar que é possível desenvolver uma pesquisa facilmente reprodutível por outros.

Infelizmente a presença no segundo dia foi pequena e ainda estamos tentando descobrir o motivo.

Luiz Carlos Irber Júnior durante uma das oficinas da Software Carpentry.

Na abertura da oficina sobre ciência aberta que ocorrerá segunda e terça-feira na UFC teremos uma palestra do Luiz Carlos Irber Júnior que será transmitida ao vivo pela internet.

Resumo da palestra

Uma apresentação sobre o que é reproducibilidade e como open notebooks podem ser usados para implementá-la, com exemplos ancorados em minha experiência própria, com todos os percalços e vitórias no caminho.

Vou comentar também sobre como nós fazemos ciência aberta no nosso laboratório, e como é a interação com (e como convencemos) colaboradores.

Mini bio do palestrante

Formado em Engenharia de Computação pela UFSCar, atualmente doutorando em ciência da computação na Michigan State University no Laboratório de Genômica, Evolução e Desenvolvimento (Dr. C. Titus Brown). Também sou instrutor do Software Carpentry a seis meses, e a uma década tentando fazer computação mais acessível para cientistas =]

Quando

Segunda-feira, 02 de Fevereiro, às 11:30 no horário de Brasília.

Onde

  • Universidade Federal do Ceará: Sala 3 (Anfiteatro da PGMAT) – Bloco 914 – 1o. andar (Campusdo Pici).
  • Youtube.

Nos dias 02 e 03 de Fevereiro será realizado uma oficina sobre cadernos de pequisas abertos na Universidade Federal do Ceará.

A oficina iniciará com uma palestra que é aberta a todos mas devido ao número limitado de lugares para as atividades práticas os interessados precisam se inscrever seguindo as inscrições nessa página.

O cronograma da oficina e maiores informações encontram-se disponíveis na página do evento.

Nota: Essa é uma versão resumida de http://blog.rgaiacs.com/2014/12/13/swc_at_ufsc.html (em inglês).

Agradecimento: Queria agradecer ao Renato Morais Araujo e Juliano A. Bogoni por terem organizado o workshop.

Na última quinta-feira e sexta-feira, Diego Barneche e eu estivemos na Universidade Federal de Santa Catarina para ensinar R e como utilizá-lo para fazer ciência aberta.

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No nosso público, aproximadamente 20 alunos, tivemos alunos de graduação, mestrado e doutorado de Biologia que aumentaram seus conhecimentos sobre R e também aprenderam o terminal Linux e Git (para controle de versão).

Depois que apresentamos as ferramentas que os alunos precisavam, o Diego apresentou uma sessão relacionada com ciência aberta que mostrou como utilizar tudo que tinhamos ensinado anteriormente para que eles pudessem trabalhar de uma forma melhor.

Pelo retorno que tivemos dos alunos eles aproveitaram bastante o workshop.

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O Alexandre e eu estamos conversando para realizar um evento parecido em Fortaleza no início de Fevereiro (assim que tivermos confirmado o evento iremos disponibilizar maiores informações nesse portal). Caso você tenha interesse de ter um evento semelhante na sua instituição, entre em contato.

No último sábado ocorreu nosso sprint relacionado com o Lattes e aqui você encontram algumas reflexões.

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Pouca Participação

Apenas eu e o Tel participamos. Esperávamos que mais pessoas participassem, pelo menos remotamente, pois problemas com o Lattes é algo que sempre ouvimos em um encontro de ciência aberta além de várias pessoas terem mostrado interesse em utilizar a informação do Lattes. Como aumentamos a participação ainda é uma questão em aberto.

Error Log

Logo no início das atividades descobrimos que o log de erro do Lattes é disponibilizado ao usuário quando tenta-se acessar um perfil que não existe como esse aqui.

Base de Dados para Análise

Uma dos objetivos do sprint era verificar a viabilidade de utilizar o scriptLattes para criar uma base de dados com parte significativa de currículos Lattes que pudesse ser compartilhada entre os interessados em meta-"ciência aberta". Infelizmente não conseguimos verificar um dos arquivos que queríamos (ver mais informações aqui).

Também verificamos que o scriptLattes precisa de uma correção para lidar com requisições de perfis inexistentes pois aparentemente ele não desiste de tentar baixar o perfil inexistente.

Outras conversas

Também tivemos algumas discussões sobre coisas que não gostamos no Lattes, como que elas "deveriam" ser e o que poderíamos fazer. Você pode ler algumas sobre isso na Wikiversidade.

Esse sábado, 08 de novembro, será realizado na UNICAMP um sprint voltado ao OpenLattes/ScriptLattes como previamente anunciado.

Como Participar

Estaremos utilizando o espaço do NIED na UNICAMP e os interessados apenas precisam comparecer no NIED a partir das 9:00. Para quem não conhece o NIED, ele fica de frente para a Praça da Paz e do Restaurante Del Sol (ver OpenStreeMap).

Esperamos ter suporte a vídeo conferência para possibilitar a participação remota de quem desejar mas já podermos confirmar no início das atividades. Fique atento aos comentários deste post.

Para quem não mora em Campinas e quiser participar, você pode tentar combinar uma carona na nossa lista.

Projetos Propostos

Temos vários projetos propostos tanto para o OpenLattes como para ScriptLattes. Fique a vontade para adicionar novas propostas.

Maiores informações

Se precisar de maiores informações você pode utilizar os comentários desse post.

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