e-Science

Fonte: Agência FAPESP

A FAPESP lançou chamada de proposta que inaugura o Programa FAPESP de Pesquisa em eScience.

Essa primeira chamada de proposta, que encerra em 28 de abril de 2014, visa apoiar projetos relevantes que envolvam modelos matemáticos, repositórios digitais e gerenciamento de dados, novos hardwares, softwares, protocolos, ferramentas e serviços, voltados para atender demandas de pesquisas nas áreas de ciências agrárias; artes, humanidades e ciências sociais; engenharia e física, clima e ciências da terra, e à prática e educação em eScience.

A ideia de associar pesquisa sobre infraestrutura de dados a outros domínios do conhecimento busca solucionar o que hoje se transformou em um importante gargalo da pesquisa científica: o desafio de organizar, classificar, selecionar, compartilhar e garantir acesso ao gigantesco volume de dados gerados nos últimos anos em todas as áreas, cruzar dados e variáveis diversas e possibilitar análises mais abrangentes.

“Em função disso, o mundo está se organizando de maneira diferente”, diz Marcondes César, membro da coordenação adjuntada área de Ciências Exatas e Engenharias da FAPESP. A Universidade de Harvard, por exemplo, criou em 2005 o Institute for Quantitative Social Science (IQSS), uma comunidade interdisciplinar de pesquisadores constituída com a missão de desenvolver ferramentas estatísticas e computacionais amplamente acessíveis, para fazer análises em ciências sociais e contribuir para a compreensão e solução dos grandes problemas que afetam a sociedade e o bem-estar das populações.

O IQSS organiza programas científicos apoiados por plataformas de tecnologia e vinculados a oportunidades educacionais e promove a colaboração entre professores, alunos e funcionários, ao mesmo tempo em que oferece a infraestrutura que apoia a investigação. Um desses programas, por exemplo, utiliza tecnologia e dados digitalizados em uma grande investigação sobre a história global das eleições desde o século 19.

A eScience também é base para a pesquisa colaborativa e em rede. “O LHC [Large Hadron Collider] – o maior acelerador de partículas do mundo –, por exemplo, gera resultados que são processados por pesquisadores em todo o mundo. Algumas de suas áreas já montaram estruturas baseadas em dados”, disse Marcondes César.

Nota: Este post foi inspirado por esse post de Nina Paley e as imagens foram originalmente publicadas no mesmo post. Para quem não conhece, Nina Paley é uma artista plástica contra o direito autoral e suas obras são licenciadas sob CC-BY ou domínio público.

Propaganda: se você está procurando um presente de natal para alguém, considere esse livro da Nina Paley. É um dos poucos livros não técnicos sob CC-SA que conheço.

Quando falamos de conhecimento livre estamos nos referindo aquele que, dentre outras coisas, podemos repassar aos nossos amigos e cuja única condição aceitável seja citar o autor original. A transmissão do conhecimento livre é maravilhosamente ilustrada na animação abaixo.

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Infelizmente ainda vivemos em um mundo onde a maior parte do conhecimento não é livre, seja por questões financeiras ou pela lei de direitos autorais cuja desobediência pode levar a multas e até prisões. Independente do motivo pelo qual o conhecimento não circula, indivíduos ficam tristes (ver image abaixo).

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Se você também está infeliz com a realidade atual, retire um dos itens da sua lista de resoluções de ano novo participando do próximo encontro mensal da OKF-BR (maiores informações aqui).

Ni!

Hoje aconteceu na cidade do Rio de Janeiro o workshop Desafios contemporâneos à colaboração em Ciência e Tecnologia, organizado pelas professoras Sarita Albagli e Maria Lucia Maciel do Liinc e PPGCI (IBICT/UFRJ).

Além das conferências de Jesús Mena-Chalco, sobre e-science, e Lea Velho, sobre internacionalização, eu apresentei uma palestra sobre ciência aberta com um título curioso.

Infelizmente a luz acabou logo no início do evento e tivemos de transformar o workshop numa aula pública no restaurante desativado do CBPF, portanto não temos gravação para compartilhar.

Mas a página da minha apresentação está acessível na Wikiversidade:

Ciência Aberta – organizando a ciência no Brasil pra 200 milhões de cientistas

Abraços!

ale

Atualização em 04/11/2013: Os slides das apresentações encontram-se disponíveis no slideshare.

Nota 1: Este post corresponde a uma tradução do anterior que encontra-se em inglês.

Nota 2: As opiniões presentes neste post não representam o grupo de trabalho em Ciência Aberta como um todo.

Nos dias 6 e 7 de Outubro ocorreu a 4ª CONFOA (Conferência Luso-Brasileira sobre Acesso Aberto) a partir da qual eu gostaria de levantar alguns tópicos para debate.

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Na conferência tivemos várias apresentações sobre acesso aberto, dados abertos, repositórios institucionais, direitos autorais, …, mas eu consigo lembrar de apenas DUAS apresentações cujos slides estava marcados com uma licença aberta:

  • Disponibilidad en acesso aberto de la produccion científica de los países de África lusófona. Martins Fernando Cuambe and Gema Bueno de la Fuente.
  • Cross-Ref, DOI (Digital Object Identifier) e serviços: Estudo comparativo luso-brasileiro. Edilson Damasio.

Então slides é um tipo de conteúdo que não deve ser aberto?

Nas recomendações de Budapest encontramos a definição abaixo para acesso aberto (tradução e destaque pelo autor deste post):

Por “acesso aberto” da literatura científica revisada por pares, nós entendemos que ela encontra-se livremente disponível ao público da internet, permitindo qualquer um lê-lo, baixá-lo, copiá-lo, distribuí-lo imprimí-lo, fazer busca nele, ou criar links para o texto completo desses artigos, utilizá-lo para produção de índices, passá-lo como informação/entrada para um programa de computador (software), ou utilizá-lo para qualquer outro propósito legal, sem barreiras financeiras, legais ou técnicas outras que não inseparáveis da obtenção do acesso da internet. A única restrição para a reprodução e distribuição, e a única regra para o direito autoral neste domínio, de ser dar ao autor o controle sobre a integridade do seu trabalho e o direito de ser adequadamente reconhecido e citado.

No Brasil, muitos chamam de documentos “abertos” aqueles que podemos apenas ler. Na minha opinião, devemos começar a chamar esse tipo de documento apenas de acesso grátis para evitar mal entendidos.

Também no Brasil, as pessoas gostam de utilizar as licenças Creative Commons com a condição de uso não comercial. Pedi ao senhor Marcos Alves de Souza do Ministério da Cultura por uma definição de uso comercial e ele disse que tal não existe. Desta forma e na minha opinição, uma vez que não consiguimos fazer uma diferença clara do que é uso comercial devemos parar de utilizar a condição de uso não comercial das licenças Creative Commons pois o uso dessa restrição apenas atrasa o processo de inovação como foi dito várias vezes na conferência.

Updated in 2013/11/04: Some of the slides are available at slideshare.

Note: The opinion in this post aren’t from the work group in Open Science as a hole.

In 6th and 7th of October happen the 4th CONFOA (Portuguese-Brazilian conference about Open Access) from it I would like to rise three topics to debate.

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The conference have lots of presentations about open access, open data, institutional repository, copyright, …, but I can only remember of TWO presentations that the slides have a free license:

  • Disponibilidad en acesso aberto de la produccion científica de los países de África lusófona. Martins Fernando Cuambe and Gema Bueno de la Fuente.
  • Cross-Ref, DOI (Digital Object Identifier) e serviços: Estudo comparativo luso-brasileiro. Edilson Damasio.

So presentations are one type of content that should NOT be open?

From the Budapest recommendations we have the following definition of open access (boldface from the author of this post):

By “open access” to [peer-reviewed research literature], we mean its free availability on the public internet, permitting any users to read, download, copy, distribute, print, search, or link to the full texts of these articles, crawl them for indexing, pass them as data to software, or use them for any other lawful purpose, without financial, legal, or technical barrier other than those inseparable from gaining access to the internet itself. The only constraint on reproduction and distribution, and the only role for copyright in this domains, should be to give authors control over the integrity of their work and the right to be properly acknowledged and cited.

In Brazil, most of the called “open” documents ONLY permit the reading. In my humble opinion, we must start calling this type of document “free beer” access to avoid misunderstandings.

Here in Brazil, people like to use the Creative Commons licenses with the noncommercial clause. I asked Marcos Alves de Souza from brazilian’s ‘Ministério da Cultura” for a definition of noncommercial use and he say that it doesn’t exist. So in my humble opinion, once we can’t make clear what is noncommercial we should stop using the noncommercial clause of Creative Commons because the use of this clause only slow the innovation as say, many times, in the conference.

Ni!

Ei-los abaixo, finalmente, os vídeos do encontro do grupo de trabalho realizado em junho de 2013!

Um agradecimento coletivo ao Raniere, que cortou, editou e fez os letreiros, à equipe de audiovisual do IFUSP, pela transmissão ao vivo e captura, e ao Thiandré, que nos mostrou como limpar o som ruidoso.

Para uma descrição resumida do que foi o encontro, quem eram os palestrantes e o que cada um apresentou, vejam o post Relato do encontro nacional do grupo de trabalho – dia 7.

Abertura do encontro

Educação aberta

Debora Sebriam (REA-BR)

Tel Amiel (Unicamp)

Debate

Ferramentas científicas abertas

Rafael Pezzi (UFRGS)

Fabio Kon (CCSL/IME-USP)

Daniel Tavares (LNLS)

Acesso aberto

Cameron Neylon (PLOS)

Sueli Ferreira (USP)

Marcos C. Visoli (Embrapa)
A partir dos 33:50 do vídeo anterior (Sueli Ferreira)

Ciência cidadã

Atila Iamarino (Science Blogs Brasil)

Artur Rozestraten (USP)

Eduardo Oda (GHC)

Dados científicos abertos

Henrique Andrade (Wikimedia Foundation)

Jorge Machado (USP)

Ewout ter Haar (USP)

Robson Souza (USP)

Wikipesquisas

Alexandre Hannud Abdo (USP)

Foto por SF BRit
Foto por SF BRit (CC-BY)

Um movimento como o pela Ciência Aberta, assim como a própria ciência, não se faz de instituições, mas antes por uma reorganização de valores e práticas individuais que irão repercutir nessas estruturas.

Contudo, o surgimento de organizações dedicadas a promover tendências de abertura no desenvolvimento científico reflete a maturidade e consolidação do esforço que os indivíduos contribuem para tal.

Assim, é bastante significativo que neste ano tivemos, além da formação deste próprio grupo de trabalho, o estabelecimento de instituições dedicadas a estudar e avançar tendências da ciência aberta no Brasil.

Este post – para o qual atualizações, complementos e correções são bem vindos (deixe um comentário!) – busca apresentá-las.

  • Também em agosto, a Itaipú Binacional e seu Parque Tecnológico inauguraram o Centro Latino-Americano de Tecnologias Abertas, que irá pesquisar e desenvolver soluções inovadoras que utilizem exclusivamente tecnologias livres.

Além disso, na próxima semana teremos o segundo encontro, na Cidade do Cabo, para a formação de uma rede internacional de pesquisa em Ciência Aberta para o Desenvolvimento, financiada pelo IDRC-Canadá, que até o final do ano deverá abrir um edital para projetos e ativar parcerias com outras instituições.

E por agora, para concluir, compartilho uma animação fractal produzida por LandscapeWindscreen, para acompanhar uma das Variações Goldberg de J.S. Bach, numa gravação interpretada pela pianista Kimiko Ishizaka como parte do projeto Open Goldberg Variations, que através de financiamento coletivo produziu gravações e partituras em domínio público da obra.

Ni!Screenshot from 2013-08-06 04:57:38

Foi publicado na última edição da revista Computação Brasil (CB), editada pela Sociedade Brasileira de Computação, o artigo Ciência aberta, dados abertos e código aberto de autoria do Prof. Fabio Kon.

Nele se descreve os desvios e fragilidades de algumas formas ainda atuais de lidarmos com o conhecimento científico, destacando a importância de as atualizarmos utilizando as tecnologias disponíveis, para abrir o conhecimento a todos e produzir, assim, uma ciência mais colaborativa e competitiva, mais verificável, reprodutível e responsável.

Acesse o artigo ou baixe a revista na íntegra.

Screenshot from 2013-08-06 04:55:30

E, aproveitando o assunto, hoje ocorre a inauguração do prédio do Centro de Competência em Software Livre no IME-USP!

Abraço!

(Imagens acima extraídas da revista.)

Para aqueles que não sabem, a Mozilla não é apenas a desenvolvedora do navegador Firefox mas uma grande fomentadora de inovação na web por meio de vários projetos livres (ou abertos) que lidera ou participa como, por exemplo:

  • Persona: um sistema de identificação/autenticação descentralizado,
  • Popcorn: uma biblioteca para manipulação de páginas webs baseadas na reprodução de audio e vídeo,
  • Big Blue Button: uma plataforma livre para video conferência voltada para o ensino,
  • WebMaker: um grupo empenhado em serem facilitadores para que novas pessoas aprendam não só utilizar a web mas
    também criá-la.

Há mais de um mês atrás ela oficialmente lançou o Mozilla Science Lab (ver o anúncio em [2], [3] e [4]) que será dirigido por Kaitlin Thaney e terá como líder de projeto Greg Wilson [5]. A seguir espero explicar qual o objetivo da Mozilla e seus parceiros nesse novo projeto.

“A internet foi criada por pesquisadores para acelerar a ciência. Mas aproximadamente 30 anos depois, apenas uma minoria utiliza a internet para algo além da publicação e distribuição. A internet tem alterado fundamentalmente a natureza do comércio, educação, cultura e sociedade civil por meio da comunicação aberta, acesso a informação e inovação em escala global. Mas com poucas exceções, o trabalho científico ainda é feito individualmente e offline.” (Tradução do autor de trecho em [1].)

Embora existam várias iniciativas para auxiliar pesquisadores a utilizar a web e outras ferramentas computacionais (controle de versão e scripts, por exemplo) de forma a serem mais eficiente em suas pesquisas, como é o caso da Software Carpentry, esses pesquisadores continuam trabalhando individualmente e offline. Por esse motivo, “a internet continua uma plataforma para debate e divulgação de resultados, mas não uma ferramenta para conduzir, fortalecer e expandir o trabalhos desses pesquisadores.” (Tradução do autor de trecho em [1].)

Foi identificado quatro fatores que bloqueiam cientistas de utilizarem a internet para mais que debate e divulgação. São elas:

  1. Habilidade: parte da comunidade científica não é nativa digital nem possuem domínio sobre linguagens de marcação e protocolos presentes na internet.
  2. Tecnologia: embora tecnologia para a colaboração já exista (agregadores de notícias, wikis, pads, sistemas de controle de versão, …) a maioria requer muito trabalho antes que possa ser utilizada o qual encontra-se fora do alcance dos pesquisadores.
  3. Prática: os valores de trabalhar de forma aberta e em comunidade conflitam com as normas estabelecidas na academia em torno de originalidade, publicação e atribuição.
  4. Escala: a falta de modelos e facilitadores, além de conflito entre os poucos existentes inibe o crescimento da ciência aberta.

Os fatores 1 e 2 estão sendo resolvidos a medida que mais pesquisadores aderem a cultura livre e auxiliam seus pares nessa mudança. Os fatores 3 e 4 pretendem ser resolvidos pelo novo projeto da Mozilla ao convidar cientistas respeitados e já engajados com a ciência aberta para juntos guiarem o desenvolvimento de ferramentas, práticas e comunidades em torno de acelerar a ciência utilizando a internet.

Todos são convidados a participarem do Mozilla Science Lab. Atualizações sobre o projeto serão veiculadas no blog da Kaitlin.

Referências
[1] http://software-carpentry.org/blog/2013/07/sloan-proposal-round-2.html
[2] https://blog.mozilla.org/blog/2013/06/14/5992/
[3] http://kaythaney.com/2013/06/14/announcing-the-mozilla-science-lab/
[4] http://software-carpentry.org/blog/2013/06/mozilla-science-lab-announcement.html
[5] https://wiki.mozilla.org/ScienceLab

NotaEste post foi inspirado e baseado em Sloan Foundation Proposal Round 2 e Greg Wilson que foi originalmente publicado em 05/07/2013 no blog da Software Carpentry sob a licença CC-BY.

Ni!

Caros, tive o privilégio de estar em Londres na primeira semana de julho participando do planejamento inicial do projeto Open Science for Development, que apoiará financeira e academicamente projetos de pesquisa envolvidos com práticas científicas abertas, seja por estudá-las ou colocá-las em prática.

Open Science for Development

O encontro foi organizado pela Open Knowledge Foundation (OKF, Reino Unido), para definir os fundamentos do projeto encomendado e financiado pelo International Development Research Centre (IDRC, Canadá). Estima-se que o aporte total será, de início, de cerca de dois milhões de dólares compartilhados entre 20 a 50 projetos.

A fase final de planejamento acontecerá na Áfricado Sul em 11 a 13 de Setembro, quando num workshop receberemos novos participantes para que conheçam melhor a proposta, ajudem a formalizar a chamada de projetos, e decidam se desejam aplicar ou contribuir como revisores e mentores dos projetos aprovados.

Já estão abertas as inscrições! As despesas dos selecionados serão cobertas pelo IDRC.

Segue abaixo o email original da Jenny Molloy, coordenadora do grupo de trabalho em Ciência Aberta da OKF Global. Os interessados devem mandar as informações indicadas, em inglês, para jenny.molloy@okfn.org até 24 de julho.

We are delighted to announce that OKF is collaborating with the OpenUCT Initiative at the University of Cape Town in an International Development Research Centre funded project to develop a southern led research agenda for open science for development.

We hope to use this as an opportunity not only to explore research into open science but also to really push community building efforts in the global south and identify a strong network of open science advocates and practitioners – maybe setting up some new local open science groups along the way!

You can read more in out project proposal.

A small group met in London last week to set the ground work for a larger workshop in Cape Town 11-13 September 2013 and the results of that meeting will be available online shortly.

We hope you are as excited about this opportunity as we are and in the spirit of the exercise we will be making both the process and outcomes as open as possible.

Therefore, if you would like to apply to participate in the Cape Town meeting please send us a brief half page introduction to yourself including answers to the following questions:

Why is this project of interest?

What expertise and experience do you bring?

What would you like to see come out of this project?

Preference will be given to participants from developing countries in order to further the aims of the project and full funding will be provided.

There is a short deadline of 24 July 2013 so please spread this invitation through your networks, particularly contacts you might have in the global south. If selected, we will organise travel and flights as soon as possible.

Best wishes

Jenny

Open Science for Development

Abraços!