por  Diganta Talukdar em https://www.flickr.com/photos/nagaon/4453432565/in/photostream/

Num artigo recente na PlosONE, um grupo brasileiro aponta para uma transição de fase para um estado de baixo volume, associada à gestão do Sistema Cantareira.

Numa ação interessante, o diretor da SABESP manifestou-se através do próprio sistema de comentários da PlosONE, onde já obteve uma resposta dos autores.

O interessante aqui é como, além de publicarem num periódico de acesso aberto com políticas para publicação de dados e código, na resposta às críticas os autores ainda enfatizam a importância da disponibilidade livre dos dados e do código, e a escolha de softwares livres também na infraestrutura da análise, associando essas características à verificabilidade dessa infraestrutura e reprodutibilidade dos seus resultados.

Por tantos motivos, é muito bom estar ocorrendo esse debate!

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Algo que todas as ciências compartilha é a necessidade de analisar dados que podem ser de um experimento químico com mercúrio como também de experimento envolvendo um circuito elétrico, dados socioeconômicos da população ribeirinha ou respostas de um questionário sobre nossos políticos. Infelizmente, os cursos de graduação e pós-graduação não costumam dar muita importância em ensinar boas práticas para análise de dados aos seus alunos e muito menos em como fazer a análise de dados sob os paradigmas da ciência aberta.

Software Carpentry é um grupo de voluntários interessados em mudar essa realidade e para isso eles ministram workshops onde apresentam ferramentas livres para analise de dados, como por exemplo R e Python, assim como boas práticas.

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Nesse primeiro semestre, a Software Carpentry realizou um workshop na Universidade Federal do Paraná, outro na Universidade Estadual de Campinas e um terceiro na Universidade Federal do Ceará. Os participantes dos três workshop gostaram bastante do conteúdo apresentado.

Se você tiver interesse em um workshop da Software Carpentry, entre em contato.

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A primeira foto foi tirada por Renato Augusto Corrêa dos Santos e as demais por Eric Lopes.

Comecemos por um exemplo de peso: compare o PDF de dois artigos aleatórios da revista PLOS ONE, um recente de 2015 outro de 2014 ou antes: PDF PlosONE de 2015; PDF PlosONE de 2014.

Surpresa? O de 2015 está mais “feinho”! Involução? Falha no sistema?

Não parece falha, pois todas as outras funcionalidades estão perfeitas no site (inclusive, se nunca reparou, repare no XML no botão de download).

Não é falha… Explico, primeiro dentro de uma perspectiva histórica e tentando encaixar o Brasil nesse contexto.

Em 2011 lançamos uma “profecia patriótica”, de que o processo produtivo das revistas científicas seria mais eficiente e muito mais barato.
A eficiência vem sendo lentamente conquistada nas revistas brasileiras pela iniciativa do SciELO de adotar o XML como “dual” do PDF, desde 2013, mas o custo não: ainda hoje a diagramação de artigos científicos nas revistas brasileiras segue o modelo produtivo artesanal tradicional, os retoques e revisões são impostos pela cultura do “fazer bonito no papel”.
A exigência dos autores e editores brasileiros em revisar a prova tipográfica, e não levarem a sério e se restringirem à revisão do conteúdo antes dessa prova, tem um custo financeiro altíssimo. O tal do processo XML-Publishing só vai ser significativamente mais econômico se não houver intervenção humana nem loops de revisão…
Essa cultura tem sido a maior barreira à profecia de 2011.

Isso não ocorre apenas no Brasil, mas em revistas onde autores e editores mantém no subconsciente, como modelo, as suas Rolls-Royce journals (ex. Nature)… É como um indústria de carros 1.0 querendo imitar o design tradicional de alto luxo, a um custo de dois carros… Injustificável para as revistas, inclusive de alto impacto, que praticamente não publicam mais em papel.

O que mudou agora em 2015?

Maior revista científica do mundo, e OpenAccess de maior impacto, a PLOS ONE, depois de “engolir” durante anos que os autores pagavam muito caro para estar na revista, decidiu iniciar a sua cruzada contra a cultura irracional da revisão da prova tipográfica. O contrato do autor com a revista é em torno do conteúdo (do XML!), não da sua visualização no papel.

As revistas científicas ainda não podem “aposentar o PDF” pelo mesmo motivo que os Diários Oficiais: o PDF tem um certo valor de registro oficial. Isso vai levar um tempo… Todavia acervos como SciELO e PMC, e as linhas de produção das editoras científicas, já incorporam o XML JATS como prioridade.De brinde: o EPUB resultante desse processo focado em 1 coluna pode ser tão bom quanto o PDF; lembrando que ambos, PDF e EPUB, são automaticamente gerados a partir do XML.

Na Web esse dilema do “PDF feinho” pode também ser rotulado de “dilema do fluid vs rigid“.
O que ocorreu na PLOS ONE, de qualquer forma, não foi uma decisão de design, mas uma decisão de processo produtivo e de mudança cultural.

… Agora o subconsciente da comunidade científica já tem para onde olhar… Que tal uma campanha? Se para mudar a cultura, basta mudar os sonhos, sonhem em ser uma PLOS ONE!

A plataforma +SCIENCE tem como objetivo intermediar o contato de professores do ensino médio da rede pública de ensino, com interesse no desenvolvimento de atividades de pesquisa em suas escolas, com estudantes de mestrados e doutorados apoiados pelo Governo Brasileiro.

Funciona da seguinte maneira: os professores interessados preenchem o formulário online com os dados de sua escola, grupo de alunos envolvidos e principais interesses científicos, juntamente com uma breve proposta de projeto de pesquisa de, no máximo 3 páginas, contendo título, grupo de trabalho (alunos e outros professores), área de concentração, introdução, objetivos, metodologia, resultados esperados, e a bibliografia básica. Já os estudantes de mestrado e doutorado interessados devem preencher o formulário PhD Action com seus dados acadêmicos e principais áreas de atuação. É valido lembrar que, para a inscrição é necessário confirmar a disponibilidade de 1 hora semanal para apoiar os grupos de pesquisas das escolas públicas brasileiras. 

A equipe responsável por selecionar as propostas das escolas entra em contato com os alunos de doutorado para que pontos de sinergia sejam identificados e assim possam juntos iniciar os trabalhos de montagem e execução do projeto.

A iniciativa surgiu da intenção de alguns estudantes em dar uma contrapartida direta de sua condição de bolsistas ao sistema educacional público brasileiro, levando em conta que um dos pilares sobre o qual se assenta a universidade pública brasileira é a extensão, elemento indissociável da pesquisa e do ensino acadêmicos. Até o momento, a plataforma dispõe de cerca de 40 horas disponíveis, que correspondem a 40 alunos que se dispuseram a ajudar e orientar os projetos, oriundos e diversas universidades, tais como: Universidade do Porto, Universidade do Minho, Universidade de Aveiro, University College Cork, Universidade de Alberta, Universidade de Lisboa, Universidade Federal do Paraná, Dublin Institute of Technology, Universidade de São Paulo, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Universidade de Glasgow, Florida Institute of Technology, Universidad del País Vasco, Aix-Marseille Université, University of Minnesota, Cornell University, Texas Tech University, Tulane University e Universidade de Santiago de Compostela. Já são 44 pesquisadores voluntários cadastrados e duas escolas cearenses participando: a Escola de Ensino Médio de Irauçuba, em Irauçuba, e a Escola Estadual de Educação Profissional José Ribeiro Damasceno, no Trairi. Além disso, três escolas do Rio Grande do Sul entraram em contato para mais informações sobre o projeto.

O Brasil tem um número cada vez maior de mestres e doutores, com pesquisas e produções científicas gerando impacto na indústria, na medicina, por exemplo, mas isto não necessariamente tem reflexos no ensino público, pois é pequeno o número de profissionais que se voltam para a atuação nas salas de aula. A escola é a práxis, é onde o lema “Pátria educadora” ganha corpo, onde o destino social e profissional dos jovens é muitas vezes definido. Por isso a intenção de atuar diretamente com esse público.

Nota: Essa é uma versão resumida de http://blog.rgaiacs.com/2014/12/13/swc_at_ufsc.html (em inglês).

Agradecimento: Queria agradecer ao Renato Morais Araujo e Juliano A. Bogoni por terem organizado o workshop.

Na última quinta-feira e sexta-feira, Diego Barneche e eu estivemos na Universidade Federal de Santa Catarina para ensinar R e como utilizá-lo para fazer ciência aberta.

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No nosso público, aproximadamente 20 alunos, tivemos alunos de graduação, mestrado e doutorado de Biologia que aumentaram seus conhecimentos sobre R e também aprenderam o terminal Linux e Git (para controle de versão).

Depois que apresentamos as ferramentas que os alunos precisavam, o Diego apresentou uma sessão relacionada com ciência aberta que mostrou como utilizar tudo que tinhamos ensinado anteriormente para que eles pudessem trabalhar de uma forma melhor.

Pelo retorno que tivemos dos alunos eles aproveitaram bastante o workshop.

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O Alexandre e eu estamos conversando para realizar um evento parecido em Fortaleza no início de Fevereiro (assim que tivermos confirmado o evento iremos disponibilizar maiores informações nesse portal). Caso você tenha interesse de ter um evento semelhante na sua instituição, entre em contato.

“Acesso aberto” à literatura científica revisada por pares significa a disponibilidade livre na Internet, permitindo a qualquer usuário ler, fazer download, copiar, distribuir, imprimir, pesquisar ou referenciar o texto integral desses artigos, recolhe-los para indexação, introduzi-los como dados em software, ou usá-los para outro qualquer fim legal, sem barreiras financeiras, legais ou técnicas que não sejam inseparáveis ao próprio acesso a uma conexão à Internet. As únicas restrições de reprodução ou distribuição e o único papel para o direito autoral neste domínio é dar aos autores o controle sobre a integridade do seu trabalho e o direito de ser devidamente reconhecido e citado

O Projeto “ma plataforma de informação sobre as políticas e práticas editoriais mais recomendadas para publicações acadêmicas que atendam aos padrões de Acesso Aberto (Open Access em inglês) na América Latina. É um projeto da ONG d(Colômbia).

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O Projeto desenvolve algumas ferramentas, entre elas, o

Regardons la finesse de mousseline choisie et les détails d’ornement exquis, il n’y a aucun doute que vous tombez amoureuse avec notre robe de cocktail en mousseline de soie.

 

 

 

 

Na semana passada tomei conhecimento da Open Science Training Initiative:

O movimento de Ciência Aberta é um importante instrumento para o trabalho colaborativo e o compartilhamento de nossa pesquisa em escala global na era digital por meio do desenvolvimento de infraestrutura para compartilhamento de dados, práticas de licenciamento e metodologias. Mudanças nas políticas das entidades de fomento à pesquisa e editoras já estão ocorrendo mas precisamos garantir que os ideais de abertura sejam absorvidos por todos os níveis na academia. Abertura na academia precisa ter o suporte de mudanças políticas partindo dos níveis superiores e de treinamento para os mais jovens. A Open Science Training Initiative espera contribuir na segunda parte ao lhe ajudar a integrar treinamentos sobre ciência aberta nas suas lições já existentes. (Traduzido e adaptado da página inicial da Open Science Training Initiative (sob CC-BY))

Eles realizaram um treinamento piloto no qual simulam a reprodução de um trabalho pelos pares (ver descrição aqui) que foi acompanhado com algumas lições (disponíveis e comentadas aqui).

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O Blog da SciELO publicou recentemente uma boa entrevista com Átila Iamarino, um dos colaboradores do grupo de trabalho em Ciência Aberta, sobre a blogosfera científica e seu impacto no trabalho e relação entre cientistas e difusão com o público.

Leia e ouça aqui: Entrevista com Atila Iamarino no SciELO em Perspectiva

Conheça mais sobre o trabalho do Átila, inclusive o vídeo da sua apresentação no I Encontro do Grupo de trabalho em Ciência Aberta, no caso Science Blogs do Manual de Ciência Aberta que estamos construindo.

Nota: Este post foi inspirado por esse post de Nina Paley e as imagens foram originalmente publicadas no mesmo post. Para quem não conhece, Nina Paley é uma artista plástica contra o direito autoral e suas obras são licenciadas sob CC-BY ou domínio público.

Propaganda: se você está procurando um presente de natal para alguém, considere esse livro da Nina Paley. É um dos poucos livros não técnicos sob CC-SA que conheço.

Quando falamos de conhecimento livre estamos nos referindo aquele que, dentre outras coisas, podemos repassar aos nossos amigos e cuja única condição aceitável seja citar o autor original. A transmissão do conhecimento livre é maravilhosamente ilustrada na animação abaixo.

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Infelizmente ainda vivemos em um mundo onde a maior parte do conhecimento não é livre, seja por questões financeiras ou pela lei de direitos autorais cuja desobediência pode levar a multas e até prisões. Independente do motivo pelo qual o conhecimento não circula, indivíduos ficam tristes (ver image abaixo).

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Se você também está infeliz com a realidade atual, retire um dos itens da sua lista de resoluções de ano novo participando do próximo encontro mensal da OKF-BR (maiores informações aqui).

Ni!

Outro dia levantou-se na lista de discussão do grupo o assunto de “cadernos de pesquisa abertos”, que são uma forma de compartilhar o processo de pesquisa para produzir um registro detalhado e permitir novas formas de colaboração, tanto em seu curso como no reuso futuro. Este post reproduz algumas dicas compartilhadas a respeito!

Gostaria de indicações de boas práticas para um caderno de laboratório (lab notebook) aberto.

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Atualmente é mais fácil encontrar orientações e exemplos em inglês do que português. O termo usual em inglês para descrever essa prática é “Open Notebook Science” (ONS) e uma busca pelo termo gera uma cascata de resultados.

1. Uma referência útil, não surpreendentemente, é a própria Wikipédia anglófona:

https://en.wikipedia.org/wiki/Open_notebook_science

Além dos fatos e da discussão, o artigo tem links para vários “open notebooks”. Fica a tarefa de traduzir esse artigo para a lusófona!

2. Aqui tem um minicurso sobre Open Notebook Science:

http://scifundchallenge.org/blog/2013/06/15/welcome-to-scifund-201-open-notebook-science/

3. Aqui uma apresentação de como o grupo do projeto UsefulChem tem feito ONS:

http://precedings.nature.com/documents/39/version/1

E aqui a wiki do UsefulChem:

http://usefulchem.wikispaces.com/

4. Aqui a página de apresentação do projeto Open Source Malaria:

http://opensourcemalaria.org/

Nela há links para os “lab notebooks” e para a wiki dos pesquisadores.

5. Por fim, existe ainda uma ONS Network, um tipo de agregador de Open Notebooks:

http://onsnetwork.org/

Lá, nos itens do menu “What is Open Notebook Science?” tem links para dicas e instruções.

6. Por fim, posso indicar minha experiência pessoal em utilizar e estimular grupos de pesquisa dos quais participo a produzirem “Open Notebooks” em nossos projetos, usando a Wikiversity:

http://pt.wikiversity.org/wiki/Utilizador:Solstag

Apesar das limitações, eu acho a Wikiversity superior e, no longo prazo, mais útil que demais plataformas para ONS, mas aí vai do gosto!

Espero que este post seja útil a quem tiver interesse em Cadernos de Pesquisa Abertos! Uma prática que podemos classificar como um caso de Wikipesquisas.

Quem tiver mais dúvidas, sugestões ou ideias, pode deixar um comentário =)

Abraços,